Documento fiscal;

Boa tarde, tenho uma duvida referente a qual documento e valor são corretos a lançar no fiscal para apuração do imposto. Assim tenho uma transportadora e a mesma não emite o CTE é outra transportado que emite ou seja ela é contratada pela a empresa e esta emite o CTE mas vai os dados desta minha empresa. Porém o valor que eles fazem o CTE é maior do que o valor realmente recebido pelo frete, o valor que a empresa recebe é o que esta na carta do motorista. Qual documento seria o certo para lançar o CTE com o valor total, ou a carta do motorista com o valor recebido do frete? Agradeço;