Lucro presumido Obrigação acessória e contabilização

Boa Tarde : por gentileza estou com uma dificuldade quanto a contabilizações de uma empresa que esta no lucro presumido porém a mesma deixou de cumprir com as obrigações acessórioas durante um certo período, aproximadamente 1 ano e passamos prestar o serviço para a empresa a partir do mês de setembro 2016 , o que é necessário que faço pelo fato de não ter todo controle mensal da empresa das vendas e inclusive os extratos da maquina de cartão eu posso simplificar esses lançamentos só com as vendas liquidas recebíveis com base no extrato bancário já considerados os descontos das taxas das maquinas dos cartões, qual é a melhor forma de contabilizar ??? a partir de então estou com a dificuldade de ter a rastreabilidade de todas as vendas desde o inicio de 2016 para saber as vendas a crédito parceladas, e a vista também, e quanto aos meses pendentes qual é a melhor opção ??