Empresa com dois cnpj

Bom dia !

Temos um prestador de serviço com 2 cnpj cadastrados na receita. Um para exames laboratoriais e outro só para exames periódicos.
Ao efetuarmos o pagamento deste que presta serviços de exames periódicos depositamos por engano o valor na conta corrente deste outro de exames laboratoriais. E só percebemos isso no dia seguintes após a compensação do cheque.
Entramos em contato com o prestador e eles informaram que por se tratar da mesma empresa, embora com personalidade jurídica distinta, eles considerariam como pago a nota fiscal e mandaram apenas um recibo simples de quitação da nota.
Posso considerar isso como documento comprobatório para justificar o meu lançamento contábil ?

Obrigada

Bom dia,

Eu acredito que pode sem problemas, contabilizando o pagamento como Recibo, e a saída do Banco do pagamento errado, seria justificado pelo recibo.

Espero ter ajudado