Nannia,
No meu entendimento penso que o fato de você recuperar os créditos de Pis e Cofins sobre compras não tem relação com o fato de seu fornecedor estar a menor, os créditos recuperados sobre compras é um beneficio fiscal dado pelo governo através da lei. 10833/e 1163 com o intuito de promover a recuperação das empresas em relação ao seu custo, esses créditos é descontado do custo das empresas (custo/estoque) e não do pagamento do fornecedor, portanto acredito que realmente você precisa verificar essas diferenças foram realmente pagas a menor ou a maior e alocar aquilo que irá ficar morto no balanço e nunca será quitado ou reembolsado para o resultado como receita ou despesa.
Conceito de essência sobre a forma e ativo. (CPC 00)