Prezado,
1 e 2 - No Balanço, o grupo fica como: PATRIMÔNIO LÍQUIDO SOCIAL
A Conta Contábil, você pode chamar de FUNDO PATRIMONIAL ou PATRIMÔNIO SOCIAL. Essa conta irá registrar a diferença entre os valores do Ativo e do Passivo.
Ao apurar um resultado positivo, o saldo será demonstrado na conta contábil: SUPERÁVIT DO EXERCÍCIO. Se, o estatuto determinar que você precisa destinar tal resultado para algum FUNDO ou RESERVA, você fará as transferências e o saldo final da conta será transferido para FUNDO PATRIMONIAL ou PATRIMÔNIO SOCIAL. Ex:
D - SUPERÁVIT DO EXERCÍCIO................................................100.000,00
C - RESERVA ESTATUTÁRIA..........................................................................10.000,00
C - FUNDO PATRIMONIAL ou PATRIMÔNIO SOCIAL.............................90.000,00
De modo simples seria isso, mas sempre cabe analisar Estatutos, Origem dos Recursos (se possuem restrição ou não), etc.....
3 - Creio que não seria tão simples "começar a tributar como empresa comum ou aguardar fiscalização". Eu tentaria conscientizar primeiro, apontando os erros e possíveis sanções, pois dependendo do órgão eles retroagem as cobranças. Faça por escrito e com todos os apontamentos, garanto que ele vai pensar melhor.