Oi Juliana
Pode levantar suspeitas aos órgãos federais e estaduais como, por exemplo:
Empresa 1 não poderá baixar os seus Fornecedores, pois não há saída de Banco nesse CNPJ. Haverá um passivo crescendo...
Uma das Empresas podem ser de fachada, ou seja, criou-se apenas para fraudar os recolhimentos dos impostos.
A Empresa 2 terá saída de Banco sem vincular com o pagamento de suas próprias operações, deixando a contrapartida "débito" em conta do Ativo pendente de conciliação e assim como a Empresa 1, ficará crescendo esse valor...
Gerencialmente também haverá falhas de controles internos, pois ferem a individualidade de cada empresa, misturando-se as operações.
São essas que me vieram a cabeça no momento, porém só uma análise mais precisa para verificar ainda outras complicações.