Transferências de ativos imobilizados

Olá a todos!

No ano passado transferimos uma grande quantidade de bens imobilizados de nossa matriz para nossas filias utilizando o CFOP 5552, porém fizemos um levantamento e notamos quem há uma quantidade enorme de notas fiscais que ainda não foram recebidas na filial de destino, ou seja, foi emitda NF-e 5552 e deveriam ser recebidas no sistema 1552.

A dúvida é em relação a pendência do recebimento no sistema, a empresa pode sofrer quais consequências? no que implica o não recebimento dessas notas no sistema? há alguma penalidade? poderiam me informar um embasamento legal em relação ao não recebimento?

Lembrando que os equipamentos já estão sendo utilizados, ou seja, a pendência é apenas sistêmica.