Divergencia entre o regime de apuração cadastrado no sistema

Bom dia
Comecei a trabalhar a pouco tempo com contabilidade, junto com meu irmão, e me surgiu um problema, pegamos uma empresa para fazermos a contabilidade, e o empresario não fazia a contabilidade do seu negocio, mas já vinha gerando as guias do simples pelo regime de caixa, quando ele trouxe os documentos, foi me informado que ele estava fazendo a apuração pelo regime de competência, então todos os lançamentos que fiz no sistema foi pelo regime de competência.
Eu só soube disso, esse mês quando fui gerar a DAS, e está dando divergência entre o regime adotado no sistema com o adotado na receita federal.
O que eu posso fazer?