Boa tarde,
Luiz,
É importante entender o motivo desse valor estar divergente. Foi falta de comprovante de pagamento? (Solicite) Não foi feito a conciliação bancária? (Faça mensalmente).
O que acontece com um banco, você gastou então vai aparecer no extrato a débito e na contabilidade a crédito, porém, se não for feito a conciliação bancária mensalmente, esse banco pode ter despesas bancárias, pode ter pago contas através deste banco e não ter sido enviado o comprovante para a contabilidade. etc...
Cobre do cliente mensalmente os extratos bancários e extratos das aplicações bancárias, pois pode dar dor de cabeça como está dando.
Para corrigir, o mais correto é achar o problema e fazer o lançamento. Se foi um comprovante que não foi enviado, pague esse comprovante, mas, exija um termo assinado se isentando da responsabilidade dessa documentação não entregue "Eu, fulano de tal, responsável pela empresa tal, situada em tal lugar, com registro na junta comercial deste estado sob o número tal, declaro não mais ter posse de tal documento, no valor tal, que por alguma razão desconhecida foi extraviado, antes da entrega do mesmo para a empresa de serviços contábeis tal." Ao ser assinado, você pode fazer a contabilização sem problemas.
Já se não for possível tal assinatura, nem a localização/identificação da documentação, sugiro pagamento de uma Despesa Indedutível, para não afetar seu resultado, e manter o saldo do banco conciliado. Faça o mesmo com o caixa!