Olá,
acho que a IN DREI 11 - 05/12/2013 dispõe sobre isso. Recentemente saiu uma solução de consulta 444-18/09/2017 da RFB sobre obrigatoriedade dos livros para SN, e de forma direta, a escrituração apenas tem valor depois de autenticada pela Junta Comercial. Mesmo não sendo prática comum de todos os contadores, é sim indispensável a autenticação. Há alguns casos de exigência do CRC em escritórios que exigem a autenticação da Junta Comercial em livros diários das empresas/clientes sob responsabilidade de determinado contador.
Até hoje, nunca achei nada determinante que diz o contrário, isentando a autenticação,, exceto o MEI, que é dispensado de contabilidade regular.