Cheque devolvido

Boa tarde, eu faço a contabilização de uma igreja. E no extrato deles do Banco do Bradesco houve um depósito no dia 19/05/2017 valor de R$ 6.000,00. Só que no mesmo dia, ocorreu uma operação irregular, pois o conteúdo do envelope foi a menor e foi baixado no valor de R$ 2.000.

Como faço esse tipo de contabilização?

Boa tarde!

De imediato você precisa verificar a origem deste depósito, pois é a contra partida do lançamento, visto isso, se foi erro no preenchimento do envelope contabiliza somente o valor correto.
Se não houve erro precisa ver o que houve com a diferença do valor depositado.
No título você colocou cheque devolvido, mas não especificou na pergunta!!
Se foi um depósito em cheques de 6.000 reais, e voltaram 4.000 reais, deve ser assim:
D - Caixa
C - Bco C/Movimento - Cheque devolvido nº....Bco....Insuficiência de saldo..... 4.000,00