Bom Dia Patrick, correto não é, deveria ter uma conta para a filial, mas por ser matriz e filial acredito que é aceitável pois você pode fazer uma contabilidade depois e consolidar os balanços pois é o correto a ser feito, a consolidação dos dois CNPJ na hora de fechar a contabilidade.
Mas temos que ficar atento pois as empresas de cartão de credito enviam um relatório para a receita federal constando as vendas de cada empresa que utiliza a sua maquininha. Mas resumindo, eu no seu lugar tocava o barco.
Agora se for uma empresa grande com um bom faturamento, aí precisa arredondar essa situação.
Abraço boa sorte !