NF emitida por empresa com baixa pode ser emitido

Prezados, boa tarde.

Foi realizada a baixa de um CNPJ em novembro, no entanto, por falha sistêmica, houve duplicidade na emissão de duas notas fiscais em agosto, questionada pelo cliente que solicitou o cancelamento da Nota Fiscal. Há algum procedimento para resguardar o cliente neste caso?
Os impostos referentes à NF já foram pagos em setembro.

Grata.