Aluguel nota fiscal - contabilização

Amigos, boa tarde!

Estou com uma dúvida, por exemplo, uma empresa recebeu na sua conta PJ um valor de 10.000,00 de comissão sobre uma locação, porém ele repassou 5.000,00 para o proprietário do imóvel, porém fiquei na dúvida de qual valor deve ser emitida a nota fiscal, ou se existe alguma regra para esse tipo de serviço, pois a empresa só quer emitir o valor da comissão líquida, porém como faço pra dar baixa no valor total que entrou na conta PJ da empresa?