Emissão de MDFe com CPNJ diferente com mesma placa e motorista.

Tenho um cliente que é uma transportadora, ele faz um percurso de MG a SP e no percurso passa por duas agências que utilizam o certificado digital da matriz localizada em MG.

Estas agências tem algumas CTE's e enviam nesse mesmo caminhão, porém, quando vai emitir uma MDFe destas CTE's para enviar para SP nesse caminhão dá erro informando que já há uma MDF não encerrada para esta placa.

Acredito que está correto, mas eu gostaria de saber se alguém já passou por algum caso semelhante e como resolveu, se existe alguma forma destas agências enviarem as CTE's neste mesmo caminhão.