ICMS por compra de produto

Comprei três produtos em uma empresa de São Paulo. Eles enviaram os produtos por transportadora, quando chegou na minha empresa constatamos que uma das caixas estava vazia. Solicitamos o reenvio do produto e a empresa mandou com a nota fiscal da compra, no ato inicial. Era necessária a emissão de outra nota fiscal para enviar este produto que faltou? Vou ter que pagar ICMS novamente por este produto?

Bom dia

Você deveria ter feito uma nota fiscal de devolução (CFOP 5.202/6.202) da primeira nota fiscal.
Essa nota é um espelho da nota de compra, ou seja, você estorna o crédito de ICMS da primeira NF, através de um novo débito.
Sendo assim, você poderia contabilizar essa NFD como um contas à receber.
Posteriormente com a chegada do produto com a nova nota de "compra", você poderia fazer uma "baixa financeira" do valor em questão.