Olá Pedro,
Neste caso é necessário fazer uma redução do capital, na forma do disposto nos arts. 1.082 e 1.084 do Código Civil
Art. 1.082. Pode a sociedade reduzir o capital, mediante a correspondente modificação do contrato:
I - depois de integralizado, se houver perdas irreparáveis;
II - se excessivo em relação ao objeto da sociedade.
Art. 1.083. No caso do inciso I do artigo antecedente, a redução do capital será realizada com a diminuição proporcional do valor nominal das quotas, tornando-se efetiva a partir da averbação, no Registro Público de Empresas Mercantis, da ata da assembléia que a tenha aprovado.
Art. 1.084. No caso do inciso II do art. 1.082, a redução do capital será feita restituindo-se parte do valor das quotas aos sócios, ou dispensando-se as prestações ainda devidas, com diminuição proporcional, em ambos os casos, do valor nominal das quotas.
§ 1o No prazo de noventa dias, contado da data da publicação da ata da assembléia que aprovar a redução, o credor quirografário, por título líquido anterior a essa data, poderá opor-se ao deliberado.
§ 2o A redução somente se tornará eficaz se, no prazo estabelecido no parágrafo antecedente, não for impugnada, ou se provado o pagamento da dívida ou o depósito judicial do respectivo valor.
§ 3o Satisfeitas as condições estabelecidas no parágrafo antecedente, proceder-se-á à averbação, no Registro Público de Empresas Mercantis, da ata que tenha aprovado a redução.
Veja, a respeito, o item 2.2.7 do Manual que consta deste link:
http://www.normaslegais.com.br/legislacao/Manual-Registro-Ltda.pdf