Boa noite Amanda,
Para realizar o envio do SPED ECF em atraso você deverá fazer o download no site da RFB (http://sped.rfb.gov.br), do programa validador (PVA) da ECF.
Automaticamente será instalada a versão mais atual do SPED ECF em sua máquina, á partir daí você irá criar uma nova declaração, ou importar o arquivo gerado pelo seu sistema.
Se criar manualmente, na tela inicial de cadastro no PVA, você irá determinar o período (data inicial e final da sua declaração), ou caso importe um arquivo já pronto o PVA irá identificar automaticamente o período. Enfim, o envio das ECF's em atraso serão realizadas na versão mais atual disponibilizada pela RFB.
É importante ressaltar que o envio em atraso gera multa ao contribuinte de R$ 500,00 ( quinhentos reais ) por mês ou fração de mês em atraso.
Espero ter ajudado!