Estoque de mercadoria para revenda, mas foi usado na prestação de serviço

Estoque de mercadoria para revenda, mas foi usado na prestação de serviço, digo foi emitido somente NFs no valor total do orçamento. Como dar baixa no estoque das peças para revenda e usadas nos serviços e cobrada por serviços?

Valdonei,
você pode dar saída no CFOP 5.949 com natureza material utilizado na prestação de serviço.
Normalmente esses materiais que eventualmente são utilizados na prestação de serviço entram no CFOP 1.128 - Compras para utilização na prestação de serviços sujeitas ao ISSQN e saida para baixa no estoque conforme mencionei.
Mas sempre oportuno estar alinhado a legislação Estadual junto ao Regulamento ICMS do seu Estado para orientações mais assertivas.