Flávia, boa tarde.
Acredito que como você mesma disse, já está assim desde muitos anos, então, pensar em refazer o processo correto de algum período relevante pra cá, seria trabalhoso e ainda assim não estaria completo. Desta forma, penso que você poderia partir do mês atual que está contabilizando e fazer o seguinte lançamento, utilizando o saldo do banco ou dos bancos no primeiro dia do mês:
Exemplo:
A empresa tem duas contas correntes, sendo uma na CEF com saldo de 3.000,00 e outra no Itaú com saldo de 4.800,00.
Lançamentos:
DB- BANCOS CONTA MOVIMENTO
Caixa Econômica Federal ............................... 3.000,00
Itaú.................................................................. 4.800,00
CR - Caixa............................................................... 7.800,00
Hist: Transf. para abertura de contas contábeis e uma melhor classificação das mesmas ( Ou outro histórico que lhe parece mais adequado )
Observação: Assim, você passa a ter o ponto de partida e poderá conciliar as contas bancárias daí pra frente.