Olá Louise,
Você encontra sua resposta no § 3o do art. 10 do Decreto-lei 1.598/77. Vamos ao texto:
§ 3º - No caso de empreitada ou fornecimento contratado, nas condições deste artigo, ou do § 2º, com pessoa jurídica de direito público, ou empresa sob seu controle, empresa pública, sociedade de economia mista ou sua subsidiária, o contribuinte poderá diferir a tributação do lucro até sua realização, observadas as seguintes normas:
a) poderá ser excluída do lucro líquido do exercício, para efeito de determinar o lucro real, parcela do lucro da empreitada ou fornecimento computado no resultado do exercício, proporcional à receita dessas operações consideradas nesse resultado e não recebida até a data do balanço de encerramento do mesmo exercício social; (Redação dada pelo Decreto-lei nº 1.648, de 1978).
b) a parcela excluída nos termos da letra a deverá ser computada na determinação do lucro real do exercício social em que a receita for recebida.
Como se vê, o diferimento recai sobre o lucro, que é tributado no regime de caixa a despeito do reconhecimento contábil pelo regime de competência.
No caso de pagamento de estimativa, o art. 37 da IN 1.700 diz que:
§ 2º A receita decorrente de fornecimento de bens e serviços para pessoa jurídica de direito público ou empresas sob seu controle, empresas públicas, sociedades de economia mista ou suas subsidiárias, nos casos de empreitada ou fornecimento contratado nas condições previstas no caput e no § 1º será computada no mês do recebimento.
Portanto, são duas regras: uma para cálculo do lucro real (o diferimento recai sobre o lucro) e outra para cálculo de estimativas com base na receita, e, neste caso, o valor a ser considerado é o da receita recebida em cada período.