As empresas de Armazéns Gerais são prestadoras de serviço e, como tal, se submetem aos tributos incidentes sobre a prestação de serviços (ISS).
Todavia, pelo fato de receberem mercadorias de terceiros devem obter inscrição estadual para poderem operar as "entradas" e "saídas - retorno simbólico ou não" de mercadorias. (esta operação se sujeita a todas as obrigações acessórias perante as Fazenda Estaduais, verificar o Regulamento do ICMS de seu estado).
Importante salientar que nas operações intraestaduais não há incidência de ICMS nas remessas e nos retornos, já nas operações interestaduais o destaque do ICMS é sempre obrigatório, salvo alguns convênios.
O IPI fica sempre suspenso nas operações com armazéns gerais, devendo incidir somente na venda para o consumidor final.
O ponto mais importante é que os Armazéns Gerais devem fazer o procedimento de regularização (obtenção da matrícula de Armazém Geral e nomeação de Fiel Depositário) para que não sejam autuados, pois os autos de infração são sempre muitos elevados, pois consideram o valor das mercadorias e não da prestação de serviços.
É Importante ressaltar que existem dois tipos de armazéns gerais, o Armazém Geral normal, que armazena produtos gerais e é regido pelo Decreto Lei 1.102/1903 e os Armazéns Gerais agrícolas previstos na lei 9.973/2000 e Decreto 3.855/2001.
A Regularização se dá em dois passos:
1) Matrícula do Armazém ( Elaboração do Regulamento Interno, da Tarifa Remuneratória, do Memorial Descritivo e do laudo de Engenharia elaborado por profissional especializado).
2) Nomeação de Fiel Depositário (que é o responsável pelo mercadorias depositadas, este processo contempla o pedido de nomeação pela empresa e a respectiva nomeação pelo presidente do órgão responsável, após a nomeação o fiel se dirige ao órgão para tomar posse)
3) Escrituração de livros comercias dos Armazéns (Entrada e Saída de mercadorias - Livro de Warrants), além de se escriturar os balancetes trimestrais e anuais de entrada e saída, que devem ser arquivados nas Juntas Comerciais.
Obs.
*Estas obrigações do item "3", embora estejam previstas na legislação que rege o tema, estão em desuso pelos contadores e empresas, já que a escrituração contábil digital já faz esse controle de entrada e saída, mas algumas vezes os fiscais obrigam e as juntas também.
* Os títulos "Warrant e Conhecimento de Depósito" também estão em desuso, trabalho com assessoria jurídica na Matrícula de Armazéns gerais há mais de 20 anos e nunca vi ninguém emitir esses títulos, pois existem títulos mais modernos tais como os previstos na lei 11.076/2004.
Espero ter ajudado.