Guilherme Bezerra,
Para o período em que a empresa estava enquadrada no Simples Nacional, a apuração dos tributos deve ser feita no Portal do Simples Nacional (clique aqui para acessar o Portal).
No Portal, mediante certificado digital ou chave de acesso, você deverá entregar mensalmente a PGDAS-D, informando o valor de sua receita para cálculo automático do imposto. O próprio sistema emitirá a guia para que você efetue o pagamento.
Como receita, entenda que para fins de Simples Nacional, trata-se do produto da venda de bens e serviços nas operações de conta própria, o preço dos serviços prestados e o resultado nas operações em conta alheia, excluídas as vendas canceladas e os descontos incondicionais concedidos. (Base legal: art. 3º, § 1º, da Lei Complementar nº 123, de 2006.).
Agora, do período em que a empresa esteve fora do Simples Nacional (Lucro Presumido ou Lucro Real), o procedimento é mais trabalhoso, devendo-se apurar o ISS (para prestação de serviços), o ICMS (para comércio), o IPI (para atividades industriais), o PIS, a COFINS, o IRPJ e CSLL. Cada tributo com sua legislação específica e particularidades de apuração.
Além disso, há as obrigações acessórias, como DCTF, ECD, ECF, EFD-Contribuições, EFD-ICMS/IPI, DIRF, RAIS, GFIP. enfim, são muitas.
Recomendo que procures um contador de sua confiança para elaborar esse trabalho de regularização da empresa, para que seja diminuído o risco de erros.
At.,