Cnpj de Faturamento e entrega diferentes mesmo cliente

Prezados, bom dia,

Estou com uma dúvida.

Tenho um cliente novo e o mesmo possui escritório em SP - capital (um CNPJ) e sua fabrica fica em Itupeva-SP,(outro CNPJ - Local de entrega da mercadoria) somos uma empresa que comercializa produtos quimicos para industria textil.
Minha dúvida é como devo emitir a NF ou as NFS no caso acredito que tenho de emitir duas Notas uma que vá para cobrança e uma para acompanhar a mercadoria, nesse caso qual CFOP devo utilizar, e os impostos só serão destacados na NF que segue para cobrança é isso?
Desde já agradeço. Guedes