Padronização de escrituração fiscal

Boa noite! Trabalho em uma cooperativa onde a mesma além de industria, tem um mercado e uma agropecuaria.  Trabalhamos com uma grande quantidade de prestação de serviços e com vários produtos. O sistema que usamos não oferece importação de XML. O processo e todo manual. E isso tá afetando porque temos vários produtos e serviços com tributação diferente. Então gostaria de saber se alguém sabe como padronizar esses produtos e serviços? E como eles seriam organizados.