EFC anos anteriores e demais

Boa noite pessoal,
Estou com oa seguintes problemas, estou prestando serviços para um escritório tem uns 2 meses e estamos com as seguintes questões: Uma empresa veio de outro contador e essa empresa foi excluida do simples e em 2016 ela teria que recolher os tributos pelo lucro presumido, porém o contador fez pelo simples nacional, e começou a paracer as pendências no fisco fácil e receita, ninguém fez nada, o cliente veio até o escritório e disse que era pra resolver, pois bem estou tentando, porém só foi resolvida da seguinte maneira, as divergências que aparece no fisco fácil aí pegaram e fizeram o sped e a gia, porém a divergência que aparece lá o valor de receita é diferente do que está no nosso sistema, eu pergunto ninguém sabe falar nada e eu tenho que entregar ECF de 2016, 2017 e 2018, alguém já enviou em atraso e no regime de livro caixa?
Outra questão: temos umas 4 igrejas ambas não fazem a escrituração contábil, aliás nenhuma estava fazendo... nem as do presumido... está bem complicado eu tento ver a melhotr maneira , mas com tantos anos de escrituração contábil sem fazer está osso, o que vocês fariam?

Quem puder me ajudar eu agradeço