Qual o valor base para PIS/COFINS sobre aluguel com abatimento de despesas do imóvel?

Prezados Senhores,

Uma das empresas do grupo administra imóveis próprio dos acionistas, porém alguns imóveis possuem um acordo comercial constante em contrato, que o inquilino para uma valor fixo e nós pagamos condomínio e parcela IPTU e consideramos para base dos impostos o resultado deste acordo, por exemplo:

Aluguel pago pelo inquilino      4.000,00
Condominio                                    400,00(-)
IPTU (parcela)                                 600,00(-)
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Total                                              3.000,00*

*o antigo contador afirmar que o valor base para PIS/COFINS é o valor final de R$ 3.000,00, eu porém entendo que independente do acordo comercial o valor correto seria os R$ 4.000,00, alguém pode me ajudar??