Emissão de MDF-e

Prezados, Boa Tarde! 

Alguém poderia me ajudar na seguinte situação: 

Trabalho em uma empresa de embalagens que possuí uma frota própria onde realiza frete/entrega para "ela mesmo" e também prestam serviços de transportes para outras empresas. Quando recebo NF-e de outras empresas, estou obrigado a emitir o CT-e e sucessivamente a MDF-e. Minha dúvida é, quando vou emitir a MDF-e tenho opção para apontar os CT-e que vão acompanhar, porém e as entregas da própria empresa ? Porque no caso eu não emito CT-e para ela mesmo? O que fazer? 

No meu sistema tem um campo para informar as NF-e, eu poderia aponta-las quando for entregas da própria empresa? 

Bom Dia!
 4. Sua empresa é a responsável por emitir a NF-e?
No transporte de carga própria, além do MDF-e, sua empresa deverá emitir a NF-e de venda ou simples remessa, documento que traz as informações referentes à mercadoria transportada. Essa é uma responsabilidade de sua empresa e, caso descumprida, pode gerar multas e até a apreensão da carga pelos órgãos fiscalizatórios. Denilson Pieve Junior