Notas Fiscais não escrituradas e não reconhecidas

Boa tarde a todos, 

Fizemos levantamento de todas as DANFES emitidas contra a nossa empresa e acusam algumas danfes emitidas erroneamente, eis que agora já se passaram os 180 dias que temos de prazo por lei no Estado de SP para efetuar o manifesto de "operação não realizada" e/ou "desconhecimento da operação", como devo proceder? Ressaltando que temos Danfes de clientes emitidas de envio de equipamentos para reparo (5915/6915) e de vendas indevidas de alguns fornecedores.

Boa tarde!
Se as notas foram emitidas de forma arbitraria contra a empresa e não há mas como fazer o Manifesto das mesmas, o correto seria entrar por meio de processo junto a SEFAZ do estado munido de BO acusando a Não Operação de compra/pedido.
Dessa forma não seria necessário a realização de escrituração das mesmas, e caso venham a ser cobradas por meio de Notificação/Intimação Fiscal terão respaldo pela omissão de tais informações.