Para o seu caso poderá fazer uma declaração interna constando todas as informações dos produtos, por que da baixa (motivos) etc...
Pois no estado de São Paulo está proibido o uso do CFOP específico (5927) conforme segue.
Comunicado COORDENADOR DA ADMINISTRAÇÃO TRIBUTÁRIA - CAT nº 47 de 1 0.07.2003 DOE-SP: 15.07.2003
O CFOP "5.927 - lançamento efetuado a título de baixa de estoque decorrente de perda, roubo ou deterioração", ainda que implementado ao Anexo V do Regulamento do ICMS em prol da uniformidade da tabela de códigos em nível nacional, não terá aplicação prática no Estado de São Paulo enquanto não for criada por ajuste SINIEF uma disciplina específica para contemplar a emissão de Nota Fiscal nesses casos;