Boa tarde Kelly,
Contabilmente você não terá muito trabalho para dar baixa da máquina furtada. Você deve transferir as quotas de depreciação (se foram contabilizadas) para conta específica do bem no ativo Imobilizado e o saldo remanescente desta diminuição deverá ser levado a débito de Perdas de Capital nas Contas de Resultados Não Operacionais.
Explico. Supondo que a máquina tenha sido adquirida por 1.000,00 e que já tenha sido registrada a depreciação de 100,00.
Na prática os lançamentos ficariam assim:
Pela baixa da Depreciação
D - Depreciação Acumulada (AC)
C - Máquinas e Equipamentos (AC) - 100,00
Pela transferência para Perdas de Capital
D - Perdas de Capital (CR)
C - Maquinas e Equipamentos (AC) 900,00
Você precisa tomar especiais cuidados no que diz respeito a documentação que deva fundamentar os lançamentos, tais como Boletim de Ocorrência Policial, Nota Fiscal da Baixa e etc....
Seria interessante você postar um questionamento a este respeito no tópico "Legislações Estaduais e Municipais" onde, com certeza, encontrará quem lhe diga das providências que devam ser tomadas junto a Fazenda Estadual.