consequências referente pagamento de boleto de terceiros

Quais as consequências futuras, no caso de uma fiscalização por exemplo, de uma empresa do lucro real efetuar pagamentos dos boletos que não estão no nome da empresa, teria alguma base legal para isso?

Adriana,
Se a empresa vai ser ressarcida o registro deve ser feito em conta de ativo. Se não houver previsão de ressarcimento a despesa não pode ser deduzida se não for identificado o beneficiário ou a causa do pagamento. Veja o art. 316 do RIR de 2018: 

Art. 316. Não são dedutíveis as importâncias declaradas como pagas ou creditadas a título de comissões, bonificações, gratificações ou semelhantes: 
I - quando não for indicada a operação ou a causa que deu origem ao rendimento; e

II - quando o comprovante do pagamento não individualizar o beneficiário do rendimento.     

Se não houver causa justificável para o pagamento, incide a regra do art. 730 do Regulamento do Imposto de Renda que trata do pagamento do imposto na fonte. Vejamos:  

Art. 730. Fica sujeito à incidência do imposto sobre a renda exclusivamente na fonte, à alíquota de trinta e cinco por cento, todo pagamento efetuado pelas pessoas jurídicas a beneficiário não identificado, ressalvado o disposto em normas especiais.

§ 1º A incidência de que trata o caput aplica-se, também, aos pagamentos efetuados ou aos recursos entregues a terceiros ou sócios, acionistas ou titulares, contabilizados ou não, quando não for comprovada a operação ou a sua causa.
§ 2º Considera-se vencido o imposto sobre a renda na fonte no dia do pagamento da referida importância.
§ 3º O rendimento será considerado líquido e caberá o reajustamento do rendimento bruto sobre o qual recairá o imposto sobre a renda.