Exatamente, o seu contador esta certo!
O simples nacional sempre leva como base o faturamento dos ultimos 12 meses.
Se a sua empresa esta em incio de atividade, e não tem 12 meses então é feito uma projeção.
"No caso de início de atividade no próprio ano-calendário da opção pelo Simples Nacional, para efeito de determinação da alíquota no 1º (primeiro) mês de atividade, o sujeito passivo utilizará, como receita bruta total acumulada, a receita auferida no próprio mês de apuração multiplicada por 12 (doze)."
EX: R$50.000,00 x 12mês = 600.000,00 de faturamento, sobre este valor que é montada a alíquota.
Se no primeiro mês faturou R$50.000,00 e no segundo mês R$36.000,00, a média será R$43.000,00 x 12 = R$516.000,00, que acarretará a redução da alíquota e do valor a pagar.
Toda mês tem q fazer esta média ate que vc tenha 12 meses de faturamento. Espero ter ajudado.