Fabio,
A restituição é das contribuições ao PIS e COFINS. Não há restituição do ICMS. A tributação e o reconhecimento contábil é tratado no Ato Declaratório Interpretativo 25/2003. O valor restituído será tributado pelo IRPJ e CSLL porque a despesa foi dedutível nos anos passados; isso só não acontece se no período ao qual se reporta a restituição o contribuinte esteve no regime do presumido.
Veja a parte principal do texto aqui:
Art. 1º Os valores restituídos a título de tributo pago indevidamente serão tributados pelo Imposto sobre a Renda das Pessoas Jurídicas (IRPJ) e pela Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL), se, em períodos anteriores, tiverem sido computados como despesas dedutíveis do lucro real e da base de cálculo da CSLL.
Art. 2º Não há incidência da Contribuição para Financiamento da Seguridade Social (Cofins) e da Contribuição para o PIS/Pasep sobre os valores recuperados a título de tributo pago indevidamente.
Art. 3º Os juros incidentes sobre o indébito tributário recuperado é receita nova e, sobre ela, incidem o IRPJ, a CSLL, a Cofins e a Contribuição para o PIS/Pasep.