Nota fiscal do MEI não aceita por empresa, somente RPA?

Prezados,

Gostaria de tirar uma dúvida. Tenho CNPJ como microempreendedor individual há 8 anos, e desde então já emiti notas fiscais para diversas empresas sem problemas. Ocorre que recentemente prestei um serviço para uma nova empresa, e logo no início mandei dados do meu CNPJ para cadastro de fornecedor a fim de já verificarem e tomarem conhecimento de ser empresa MEI. Isso foi há quase 1 mês.

O projeto foi realizado, a nota fiscal emitida ao final e na hora do recebimento, com mais de uma semana depois de emissão, sou informada primeiro de que preciso enviar uma declaração de optante do simples nacional assinada e original. Isso deu a entender pra mim que tinham aceitado a nota. Após a chegada do documento me atualizaram de que pelas normas internas da empresa, eles não efetuam pagamento para MEI ou fornecedores individuais, somente para autônomos através de RPA.

Agora estão me pedindo para enviar cópia dos meus documentos e preencher ficha de autônomo. A nota fiscal que emiti tem, inclusive, dados bancários de pessoa jurídica, não de pessoa física.

Estou me sentindo lesada e tentando explicar sobre a validade da NF, e além disso, de que o MEI já é o autônomo formalizado. Gostaria de saber se eles podem fazer isso por ser "norma interna" e que outro argumento válido posso usar para garantir que o pagamento seja por nota fiscal, além de qual prejuízo terei caso seja por RPA, já que pelo o que li há descontos no valor bruto? Nunca trabalhei dessa forma e o valor a receber é um pouco mais de 600 reais.

Outro detalhe importante é que a mesma empresa já aceitou nota fiscal emitida por MEIs, eu e outros colegas fornecedores, através de terceiros para reembolso de funcionários que contrataram o serviço.

Resumindo: qual seria, então, a motivação e lógica para o não pagamento mesmo com conta jurídica e histórico de aceitação com NF nominal a terceiros ligados à empresa?
Como resolver isso mantendo minha NF normal, sem RPA? Caso eu seja obrigada, o RPA é emitido pela contratante?

Obrigada pela atenção desde já.

A empresa é rígida, arcaíca e está totalmente agindo fora da legislação.
Sua empresa como MEI recolhe os impostos e ela estaria respaldada na conivência disso.
Tenta explicar que com a emissão da nota como MEI vc está ok com a legislação.
Mas veja bem, para vc não perder o cliente, emita o RPA e pronto....e faça as contas de modo que o valor líquido a receber seja o acordado.
No RPA vc deverá usar a tabela do INSS e IR pessoa física.