Tahaís,
A resposta está no art. 501 do Regulamento do Imposto de Renda de 2018:
Art. 501. Serão classificados como ganhos ou perdas de capital e computados, para fins de determinação do lucro real, os resultados na alienação, na desapropriação, na baixa por perecimento, na extinção, no desgaste, na obsolescência ou na exaustão, ou na liquidação de bens do ativo não circulante, classificados como investimentos, imobilizado ou intangível.
Se há um bem obsoleto que não está sendo utilizado a baixa pode e deve ser feita. No passado as autoridades fiscais emitiram um Parecer Normativo dizendo que a dedução só poeria ocorrer com a saída física do bem do patrimônio do contribuinte. Essa exigência não foi reproduzida no Regulamento de 2018, mas é prudente observá-la. Logo, é necessário provar a saída física por venda do bem (ou da sucata) ou destruição, por laudo específico.
O fato de não ter sido registrada a depreciação não tem consequência fiscal (o resultado contábil esteve errado) já que o fisco considera que a depreciação - para fins fiscais, repito - é uma faculdade. Veja essa Solução de Consulta 75, de 2017:
ASSUNTO: Imposto sobre a Renda de Pessoa Jurídica – IRPJ
EMENTA: LUCRO REAL. DEPRECIAÇÃO. CÔMPUTO OPCIONAL.
No âmbito da legislação do Imposto sobre a Renda, o cômputo, como custo ou encargo, em cada período de apuração, da importância correspondente à diminuição do valor dos bens do ativo não circulante resultante do desgaste pelo uso, ação da natureza e obsolescência normal, é opcional para a pessoa jurídica que apure o imposto com base no lucro real.