Pendência de DIRF

Não sei como resolver uma questão da minha empresa. Estamos impedidos de emitir a CND, motivo: ausência de declaração de DIRF. O que originou essa pendência foi um DARF, pago em janeiro de 2016, no valor de aproximadamente 500,00 reais. Ocorre que o contador da época declarou a DCTF limpa, sem esse imposto e não declarou a DIRF. Qual o procedimento agora? Apenas declaro a DIRF de 2016? Ou tenho que declarar a DCTF e a DIRF?

Deve entregar a DIRF e dependendo do código deve também informar na DCTF.