Dúvida sobre Dupla Tributação em empresa de tecnologia

Boa note à todos!

Trabalho em uma com o seguinte modelo de negócio:
A empresa VIRTUA oferece serviços de tecnologia da informação, sendo que aloca em seus projetos, micro empresas de tecnologia normalmente formadas por um único profissional especialista. Sendo assim, cada profissional emite suas notas fiscais, de acordo com o valor das suas horas trabalhadas, contra o CNPJ da VIRTUA, todos pagando seus impostos normalmente. A empresa VIRTUA,  também emite uma nota fiscal sobre o valor acumulado de todas as micro empresas contra o CNPJ da empresa contratante, ou seja o cliente final.
Nesse caso está havendo o processo de dupla tributação, uma vez que tanto as micro empresas, quanto a empresa VIRTUA estão pagando impostos sobre o valor pago pela empresa cliente.

Gostaria de entender se há alguma forma da empresa VIRTUA passar a emitir notas de débito de despesas, contra o CNPJ do cliente (referente aos trabalhos prestados pelas micro empresas, visando evitar essa dupla tributação?

Existe alguma alternativa para evitar a dupla tributação?

Obrigada pela ajuda!

Boa noite, Vanessa
Pelo que eu entendi não existe solução para o seu problema, pois o que a Virtua está fazendo nesse caso é terceirizando seus serviços e, supostamente, lucrando com isso. Tudo dentro da lei, claro. As empresas que prestam serviço para a Virtua terão sim que ser tributadas, pois se trata de empresas diferentes.
O que a Virtua pode fazer, caso se trate de uma empresa do lucro real (e creio que ja esteja fazendo se for o caso) é aproveitar os créditos de impostos como Pis e Cofins, por exemplo. 

A unica maneira de evitar a tal "bi-tribuitação" que você fala é a Virtua contratar funcionários para prestar os serviços da qual necessita, mas creio que não é o caso.