Protestos de títulos em cartório

Olá pessoal gostaria de uma ajuda..Tivemos alguns boletos em atraso aqui na empresa, e os mesmos foram protestados em cartório. Fizemos os pagamentos dos boletos no cartório,só que o cartório emitiu notas fiscais de serviços sobre esses títulos pagos no valor total. Então me gerou uma duvida quanto a contabilização, pois tenho uma obrigação com o fornecedor e uma obrigação com o cartório de igual valor..
Ex.
Fornecedor A
D – Estoque(AC) .............1.000,00
C – Fornecedor(PC) ........1.000,00
Fornecedor B (Cartório)
D – Despesas c/ Cartórios(Despesas)......1.050,00 (1.000,00 divida e 50,00 Juros)
C – Fornecedor B (Cartório) (PC)...1.050,00
O valor Pago ao Cartório foi de 1.050,00
* Detalhe não posso desconsiderar a nota fiscal de serviço do cartório, pois a mesma consta na REST (Relação serviços de terceiros) da prefeitura da minha cidade..