Bom, neste caso, deve ficar esclarecido que, mesmo se tratando de SCP/SPE ou coligada e independente de qualquer acordo, a obrigação de pagar o sócio retirante é da empresa X, devendo toda a transação relativa a isto passar - contábil e juridicamente - pela empresa X, não importando onde aconteça de fato.
Dito isto, uma sugestão de contabilização na empresa X seria a seguinte:
Pelo reconhecimento da retirada
D - Capital Social (PL)
C - Devolução de Capital a Restituir (Passivo)
Pela cessão do terreno da empresa Y para X (legalmente obrigatória conforme dito acima) - A executar conforme as particularidades do caso
D - Custo de Imóveis para Venda (AC - Estoques) ou Terrenos (Imobilizado)
C - Equivalência Patrimonial Y (ANC Investimentos) ou Empréstimos Y (Passivo)
Pela cessão do terreno da empresa X para o sócio
D - Devolução de Capital a Restituir (Passivo)
C - Custo de Imóveis para Venda (AC - Estoques) ou Terrenos (Imobilizado)
Espero ter ajudado
Att.