Notas fiscais não emitidas na data

Bem estou com uma duvida e gostaria de ajuda, tenho um cliente que recebeu durante 3 meses com venda online recebimento appemax via cartão de credito porém a empresa não emitiu as notas, porem foi feito o pagamento dos imposto no simples nacional sobre o valor que caiu na conta corrente da empresa todo recebimento dos cartões . Eu posso emitir essas notas fiscais agora ? Lembrando o simples ja foi calculado e pagos porém não foram emitidas as notas fiscais . Queria emitir esse mês todas as vendas feitas sem nota fiscal . São vendas online mandaria por email .

Bom dia, eu emitiria as notas informando essa observação nas mesmas mas não sei se é a melhor prática.