Como contabilizar compra e venda de empresas de mesmo proprietário com CNPJ diferente ?

Olá meus amigos,
 Sou novo e tenho uma dúvida. No escritório onde trabalho, tem duas empresas do mesmo proprietário com CNPJ diferentes ( não são filiais ).
E eles querem começar a comprar mercadorias  com um CNPJ e vendar com o CNPJ da outra empresa. Gostaria de saber como fazer os lançamentos contábeis corretos e como apurar os impostos ?. Desde já agradeço a todos.

Pedro,
Aí é necessário atentar para o princípio da entidade. Se Alfa faz a compra de terceiros fornecedores  e Beta fará a venda, então  Beta deve comprar de Alfa. 

Então, seguindo seu exemplo se Beta compra de Alfa, então alfa está vendendo, logo irá gerar imposto ?. Como as empresas são do mesmo dono, há um possibilidade de Alfa passar a mercadoria para Beta de forma legal, sem gerar imposto ?