Emissão NF de garantia remessa ou retorno entre matriz e filial

Boa tarde, pessoal preciso de uma ajuda 

 Estamos com uma dúvida quanto e emissão de notas fiscais de garantia, remessa ou retorno entre filial e matriz  por exemplo a empresa  matriz esta  localizada no estado de São Paulo e uma filial localizada no estado de Santa Catarina. ( A  assistência técnica é somente em SP  pela matriz)

Se um produto de Santa Catarina tiver um problema eu posso fazer a  emissão da nota  pela matriz ? ou essa nota deve ser emitida realmente pelo cnpj que vendeu a mercadoria?


Att.