Emissão de NF para um CNPJ e recebimento por outro

Bom dia pessoal!

Eu trabalho em uma empresa que presta serviços. Porém, ultimamente vem ocorrendo algumas operações que me deixaram em dúvida.

Eu emito a NFS para certa empresa e na hora do pagamento o cliente me paga por outro CNPJ.

Ex.¹: eu emiti a NFS para empresa X, aí na hora do pagamento eles depositam pela conta da empresa Y, que têm sócios em comum, mas que não são filial e matriz.

Ex.²: ás vezes, acontece de emitir para a filial e o cliente me pagar pelo CNPJ da matriz, que eu acredito que não exista problema.

Mas fico com muita dúvida em relação à esse primeiro exemplo. Existe algum impedimento em relação ao recebimento dessa forma? 

Poderiam me ajudar?