Olá Raphaela,
Eu entendo que para fins de controle de estoque você deverá emitir uma nota fiscal de Saída, dando entrada pelo CFOP 1.949 e a saída pelo 5.949, evitando assim ajustes contábeis. O ideal seria uma nota por funcionário, mas em caso de muitos, verifique com o departamento fiscal a possibilidade de saída a própria empresa.
ICMS – Obrigações acessórias – Distribuição de cesta básica a funcionários – Registro da entrada (CFOP e CST) – Emissão de Nota Fiscal.
I. Segundo as regras do ICMS, “cesta básica” é um mero conjunto de mercadorias comercializadas de forma agregada, sem que, contudo, esse agrupamento constitua mercadoria autônoma para fins de tributação. Sendo assim, o fato de serem comercializadas em conjunto não implica alteração do tratamento tributário aplicável a cada uma dessas mercadorias.
II. A entrada de mercadorias não sujeitas à incidência do imposto ou sujeitas ao regime jurídico-tributário da substituição tributária por antecipação, para distribuição a funcionários na forma de cesta básica, deverão ser registradas com: (i) CFOP 1.949 (outra entrada de mercadoria ou prestação de serviço não especificada) e CST 041 (não tributada); e (ii) CFOP 1.949 (outra entrada de mercadoria ou prestação de serviço não especificada) e CST 060 (ICMS cobrado anteriormente por substituição tributária).
III. A Nota Fiscal relativa à saída das cestas básicas com destino aos funcionários (artigo 1º, inciso I, da Portaria CAT no 154/2008) deverá ser emitida sem destaque do imposto, visto que se trata de mercadorias sem incidência ou com imposto retido antecipadamente por substituição tributária.
Fonte: https://www.legisweb.com.br/legislacao/?id=337357