Custo médio matriz x filial

Boa tarde.
 
Tenho seguinte caso:
 
A empresa onde trabalho possui matriz no estado de SP e sua filia no estado de SC, ambas adquirem produtos para revenda e cada uma delas tem controles estoque. por tanto a matriz e a filia tem custo médio diferenciado por causa dos impostos .
 
No momento que eu transfiro o produto da filial para matriz, o custo dessa transferência interfere no custo médio da matriz?
 
Alguém pode me ajudar?

Muito obrigado.