Dúvidas contabilidade de empresa de serviços

Olá Pessoal me ajudem por favor,

Preciso tirar algumas dúvidas da contabilidade de minha empresa, trabalhamos com serviços em logística internacional.

O que acontece é que realizamos trabalhos para alguns clientes como o desembaraço aduaneiro que geram pré despesas altas, então para pagar estas despesas o cliente deposita um "numerário" na conta da empresa e vamos pagando com este numerário posteriormente no fechamento do serviço verificamos se devemos devolver algum valor ou ele reembolsarem alguma despesas paga por nós.

Minha dúvida é se isso é legal e como justificar, pois meu contador diz que não pode fazer esse tipo de operação, mas toda empresa do mercado faz é prática extramamente comum e os clientes só trabalham assim.

Obrigado pela ajuda

O valor recebido do cliente é lançado no passivo. (D-Banco/C-Numerario de Clientes).
Conforme o pagamento das despesas aduaneiras forem ocorrendo, vc movimenta esta conta (D-Numerario dos clientes/C-Banco).
No final, na prestacao de contas, vc faz o ajuste, inclusive o reconhecimento da receita de prestacao de serviços qdo for o caso.
Em todos os nossos clientes de que prestam serviços ou que tomam serviços desta natureza trabalhamos desta forma. Tanto para o prestador como para o tomador, a ideia é a mesma, a diferença é que a movimentacao de um é no passivo (como no seu caso), e o do seu cliente, no ativo.