Lançamento de GNRE Sped fiscal

Boa tarde!
Sou uma empresa de transporte  que coleta cargas em todo o país, mas só tem unidade em SP e RS, por isso, em grande parte dos outros estados preciso recolher o ICMS do transporte por GNRE.
Tenho um escritório externo que faz meu fiscal e contabilidade e verifiquei que no fiscal não há qualquer registro desses recolhimento, eles alegam que o único registro é do ICMS apuração para o estado onde sou contribuinte, e que o recolhido deve ser registrado somente na contabilidade. A Saída do valor é registrado pela contabilidade e no balancete esses valores vem como Outras despesas. Não entendo muito sobre obrigações acessórias, mas entendo que o valor do ICMS recolhido antecipado é indicado no Ct-e, contempla o cálculo do transporte e é recolhido, então não entendo como isso não é obrigatório constar no fiscal.