Como faturar pedido (venda de mercadorias) após a troca do regime tributário?

Bom dia,

Quando uma empresa troca de regime tributário,
Do Simples nacional para o Lucro Presumido.
Ela emitiu vendas de mercadorias no Simples com um preço fechado já com o cliente (consta no pedido de compras), porém no durante a produção dessas mercadorias o regime tributário foi alterado para Lucro Presumido.
Qual alternativa para realizar a emissão e faturamento desses pedidos sendo que agora alíquotas e impostos são diferentes?
Como devo proceder, primeira vez que vou faturar após mudar de regime (e sim a empresa já consta como presente no Lucro Presumido e não mais no Simples).

Grato