Matriz X Filial

Estou com a seguinte duvida.

Estou querendo participar de uma licitação de material de construção. Mas possuo uma matriz (construtora) e uma filial (venda de material de construção), qual CNPJ colocar na documentação da licitação? Filial ou Matriz? Eu posso colocar o CNPJ da Matriz na licitação e se ganhar eu vou poder emitir as notas fiscais pela Filial?

E quando for emitir nota fiscal para dar saída na mercadoria, como faz? uma vez que o Certificado Digital está vinculado ao CNPJ da construtora e a Inscrição Estadual no CNPJ da filial. Posso usar o CNPJ da matriz e a Inscrição Estadual da filial na nota fiscal? 

Prezado sem ler o edital fica difícil, vocÊ precisará ler com bastante cuidado e verificar o que exige o edital...